يفترض بعض العلماء أن أول وباء لإنفلونزا الخنازير ينتشر بين البشر حصل عام 1918، حيث ثبت إصابة الخنازير بالعدوى مع إصابة البشر، إلا لم يثبت بشكل قاطع من تلقى العدوى أولاً.[8] و تم التعرف على أول فيروس إنفلونزا كمسبب للإنفلونزا لدى الخنازير عام 1930،[9] وخلال الستين سنة التي تلت هذا الاكتشاف كان فيروس H1N1 هو الفيروس الوحيد المعروف لإنفلونزا الخنازير. وبين عامي 1997 و2002 تم التعرف على ثلاث نمطيات جديدة من فيروسات إنفلونزا الخنازير في أمريكا الشمالية. فبين العام 1997 و1998 انتشر الفيروس H3N2 الناتج من عملية إعادة تشكيل الفيروس من فيروس يصيب البشر وآخر الطيور والخنازير، ومنذ ذلك الحين يعتبر الفيروس H3N2 أحد المسببات الرئيسية للإنفلونزا لدى الخنازير في أمريكا الشمالية. وثم نتج من إعادة تشكيل H1N1 و H3N2 تكون فيروس جديد وهو H1N2. وفي عام 1999 ظهر نمط جديد من الفيروسات وهو H4N6 والذي نتج من عبور بين الأصناف من الطيور إلى الخنازير، وسبب فاشية صغيرة وتم تحييدها في مزرعة في كندا.[9]

أكثر الفيروسات المسبب لإنفلونزا الخنازير انتشاراً هو الفيروس H1N1، وهو أحد الفيروسات التي انحدرت من وباء إنفلونزا 1918.[10] ولكن كان انتقال الفيروس من الخنازير للبشر نادرالحدوث حيث تم تسجيل 12 حالة في الولايات المتحدة منذ عام 2005.[11] قدرة الفيروس على الانتشار بين الخنازير دون البشر أدى إلى بقاء الفيروس مع تلاشي المناعة المكتسبة ضده لدى البشر، مما قد يكون السبب لسهولة انتشار الفيروس بين الناس في الوقت الحالي.[12]

انتشار الفيروس بين الخنازير شائع الحدوث ويسبب خسائر مالية لتجارة لحوم الخنازير. فعلى سبيل المثال سبب المرض خسائر تقدر بحوالي 65 مليون جنيه إسترليني كل عام.[13]